Решил переехать на mysql server 5.5 тк считаю что пришло то время когда новую версию можно спокойно не огребая кучи проблем, установить.
Начнём.
1. Делаем бэкап всех баз
mysqldump --all-databases > alldb.sql
2. Останавливаем mysql
mysqladmin shutdown
3. Удаляем старую версию
cd /usr/ports/databases/mysql51-server
make deinstall clean
cd /usr/ports/databases/mysql51-client
make deinstall clean
4. Устанавливаем новую версию
cd /usr/ports/databases/mysql55-server
5. Запускаем
/usr/local/etc/rc.d/mysql-server start
6. Восстанавливаем базы
mysql -uroot -ppassword < alldb.sql 7. Делаем обновление mysql_upgrade

На этом всё. Обновил версии на двух серверах. Всё отлично обновилось и работает.